Mariënburg in de oorlog "Wir wünschen das Haus sehen", zeiden de Duitse officieren die 13 maart 1942 bij Mariënburg aanbelden. Zusters en pensionaires moesten vertrekken.
Ze vonden onderdak in diverse andere panden in Bussum, waaronder een voormalige kinderhuis tot opvoeding van halfverweesde, verwaarloosde of verlaten kinderen aan het eind van de Meerweg.
De zusters zagen in 1944-1945 ondanks alle moeilijkheden toch nog kans om aan vluchtelingen uit Arnhem en omgeving onderdak te verschaffen.
Toen de Duitse bezetters in 1945 Bussum verlieten, lieten zij in Mariënburg een grote rotzooi achter. De kamers waren bijna onherkenbaar. Toch konden de zusters nog niet terug: in de bijgebouwen kwam de centrale keuken voor de Binnenlandse Strijdkrachten (BS).
Buiten in de tuin kwamen vrouwen aardappelen schillen en groenten schoonmaken. Enorme kookpotten gaven de koks kans een voedzaam maal in elkaar te zetten.
Een aantal BS'ers verbleven in het klooster en pasten op twee Duitsers. In de tuin van Mariënburg leerden de jongens van de BS omgaan met de nieuwste handwapens en werd er gemarcheerd.
